Se han encontrado restos de la cultura de las Motillas, en la llamada Motilla de La Vega cercanos a la actual población. También se han encontrado vestigios ibéricos en los yacimientos de Falcón y de la Virgen de la Vega.
El origen de Villarta se sitúa, aunque en fecha no determinada, en plena época prerromana. A este periodo corresponde el llamado “Puente Romano” aunque su estructura fue consolidada en época medieval.
De la época musulmana quedan pocos datos, probablemente debido, a que esta población fue destruida o abandonada dada su condición estratégica. En cualquier caso, existen aún topónimos que han perdurado a lo largo del tiempo, como es el caso de la Casa del Moro o de otras casas y fincas de indudable raíz árabe, como Madara.

Tras la conquista de Toledo por Alfonso VI, la lucha secular entre musulmanes y cristianos se traslada hacia la zona del Guadiana, encomendando a la Orden de San Juan la custodia de los territorios de Consuegra, donde se encontraría Villarta de San Juan. Así, entre los derechos de esta Orden figuraba desde 1.173 el derecho de portazgo de cualquier recua, que pasando por Consuegra fueran hacia tierras del Segura.
Estos derechos deberían percibirse en el Portazgo de Villarta, como lo confirma el privilegio concedido por Alfonso XI en 1.343 a la Orden de Calatrava.

En las relaciones topográficas de Felipe II, año 1.575, se hace referencia a Villarta, menciona el número de vecinos, aproximadamen-te ochenta. A lo largo de los siglos XVI y XVII se consolidan la población y el casco urbano antiguo, llegando a constituirse un conjunto de unas 100 casas.
La Guerra de la Independencia supone casi la destrucción total de Villarta por parte de las tropas francesas en el año 1.809.

En el siglo XX tiene lugar el definitivo desarrollo de Villarta, limitando su expansión por el norte y el oeste, para seguir la línea de la carretera y a partir de ésta hacia el este.
En la segunda mitad del siglo, el gran escritor Azorín en su libro “La Ruta de Don Quijote”, dice: “... ya hemos atravesado rápidamente el pueblecito de Villarta. Es un pueblo blanco, de un blanco intenso, de un blanco mate, con las puertas azules”.

En pocos años, a partir de los cincuenta, el desarrollismo ha transformado a Villarta, homogenei-zando las construcciones nuevas, perdiendo ese carácter de típico pueblo manchego. No obstante, encontraremos un pueblo de casas bajas con predominio de calles rectas y anchas, donde la vida, transcurre tranquila y apaciblemente.