Al amparo de río Guadiana, se desarrolla una vegetación propia de aguas dulces y permanentes, mientras que las plantas capaces de soportar ciertas variaciones de nivel y ciertas concentraciones de sal crecen en las zonas influenciadas por el río Gigüela.

En primavera, son muy vistosas los ranúnculos o Hierba lagunera (Ranunculus peltatus) debido a sus flores blancas que cubren las láminas de agua.

Entre la vegetación totalmente sumergida, se encuentran diferentes especies de algas del género Chara (Ch. Hispida, Ch. Major, Ch. Canescens), conocidas en la región como “ovas”. En algunas zonas se extienden formando un tapiz casi continuo, y tienen gran importancia para numerosas aves acuáticas -especialmente del Pato Colorado (Netta rufina)- por ser su fuente alimenticia.

Cuando las aguas empiezan a tener demasiada concentración de materia orgánica (nitrógeno y fósforo) cuya descomposición se denota en mayor medida, aparecen flotando en la superficie masas filamentosas de un alga verde, la Cladophora glomerata, así como la denominada Lenteja de Agua (Lemna trisulca), la cual sirve como alimento para la fauna herbívora. Al igual que otra alga, la Zannichellia pedunculata, que se desarrolla en aguas estacionales y poco profundas.

El Parque Nacional posee el masegal más extenso de Europa occidental.

Los desbordamientos de agua favorecen el desarrollo de una amplia cubierta vegetal de plantas emergentes, esto es, con raíces sumergidas pero con tallos que sobresalen del agua, de ahí que reciban el nombre de plantas palustres. El ejemplos más característico es la masiega (Cladium mariscos) , pero también están presentes de manera importante el carrizo (Phragmites australis), la salicaria (Lythrum salicaria), la enea (Typha domingeusis) , etc.

Entre los carrizales y los cultivos que rodean al Parque, en aguas someras o sobre suelos húmedos o temporalmente encharcados, aparecen praderas dominadas por juncos (Juncos maritumus) entre otras plantas, seriamente amenazados por la ampliación de cultivos.

Ocupando enclaves que sólo se encharcan excepcionalmente, aparece una vegetación compuesta por pequeñas matas carnosas de calamino salado (Suaeda vera) y por diversas acelgas saladas o limonios, como se conocen en la región las distintas especies del género Limonium, que se desarrollan sobre suelos salinos. Constituye una vegetación muy interesante, en cuanto que las especies que encontramos, (L. dichotomum, Limonium carpetanicum y L. longebracteatum) son plantas endémicas que sólo crecen en la Península Ibérica e incluso alguna sólo en la provincia de Ciudad Real.

Por otro lado, la vegetación arbórea del Parque está representada por el Taray (Tamarix gallica) , especie que necesita humedad en el suelo, pudiendo soportar algún periodo de inundación tolerar cierto grado de salinidad en el suelo. Los Tarayes forman bosquetes que a veces rodean las islas del Parque, como la Isla del Pan y de los Tarayes.

La encina (Quercus rotundifolia)

Así, la vegetación real que se presenta son frondosas y matorrales que sustituyen a la vegetación potencial, debido a las condiciones de degradación del medio, y también existen mucha superficiede pinares de repoblación, debido a una intensa política llevada a cabo en la Comunidad Castellano-Manchega.

La Encina  (Quercus rotundifolia), naturalmente, es el árbol predominante, así como su formación vegetal que es el encinar. Sin embargo, origina masas modificadas y/o localizadas en función del factor antrópico, es decir, humano. Podemos destacar entre las áreas ocupadas por esta especie:

Tablas de Daimiel en la llanura manchega. Dehesa de encinas

»  En alturas comprendidas entre 1000 y 1400 metros, igualmente secas pero más frías, donde la encina se alterna con quejigares en las laderas de sombra, más frescas y húmedas, mientras que, en las laderas de solana y más venteadas, la encina es sustituida por sabinas albares típicas de estas alturas.

No obstante, es frecuente encontrar a la Encina en estado arbustivo de unos 2 á 3 metros de altura, acompañanda por la Coscoja (Quercus coccifera), el lentisco (Pistacia lentiscos), el acebuche (Olea europaea var. sylvestris),etc. en aquellas zonas de monte bien iluminados y donde las precipitaciones oscilen alrededor de 400 á 500 mm anuales.

Los matorrales de sustitución, compuestos por romero (Rosmarinus officinalis), jaras (del Género Cistus), tomillo (Thymus vulgaris), cantueso(Lavandula Stoechas), espliego (Lavandula spica), salvias (Salvia officinalis), etc., y proliferan en grandes extensiones antaño ocupadas por encinares, y son objeto de aprovechamiento apícola. En otras ocasiones, el encinar ha cedido su espacio natural a cultivos de secano (cereal y vid) o repoblaciones de pino carrasco y piñonero.

Destacamos ya finalmente, las interesantes gargantas, en las que proliferan los bosquetes de robledal (Quercus pyrenaica), con madroños (Arbutus unedo), brezos (Erica arborea) y matorrales como el torvisco (Daphne gnidium), y algunos testimonios del austero y resistente enebro (Juniperus oxycedrus) que se sitúan hacia el término de Puerto Lápice.