Otra teoría opina que el nombre proviene, como el de tantos otros pueblos de la zona, de su original apelativo árabe (dando a entender que ya existía entonces), que no era otro que Mansanares según aparece en un mapa del Edrisi, y que viene a significar Caserío del río (Mansil-Nahar).

Puesto que de su posible origen árabe poco o nada se sabe, comenzamos su historia con la reconquista y, como queda antes dicho, los asentamientos y encomiendas de las órdenes militares. Se sabe que en el año 1229 comenzó a poblarse, perteneciendo todavía a la Orden de Santiago. Pasó a la Orden de Calatrava diez años después, y en el año 1352, contando ya con más de 200 pobladores, fue construida una muralla que lo circundaba; probablemente también de estas fechas data la construcción de su castillo, llamado Pilas Bonas, aunque otros historiadores creen más probable que sea anterior, del mismo siglo XIII, construido por la Orden de Calatrava para oponer y marcar sus líneas con el castillo de Tocón perteneciente a la orden santiaguista.

El siglo XV parece que fue el de mayor esplendor para Manzanares, pues de entonces data la construcción de su iglesia parroquial y varias ermitas, además de experimentar un notable aumento demográfico.

En los primeros años del Imperio, Manzanares fue municipio de los que guardaron fidelidad a Carlos I frente a las legitimaciones mostradas por los Comuneros. No obstante, debe su título de "Ciudad Fidelísima" no al hecho reseñado, sino a su participación más que notable durante la guerra contra los franceses en el siglo pasado